四月二十六日，李自成带着败军回到北京。此时摆在他面前的问题是，固守北京等待援军的到来呢？还是趁清军围城以前主动放弃北京？刚回京时，李自成就下令火速拆除关厢民房和羊马墙，说明他曾一度考虑过固守北京，但只过了两天，李自成却毅然决定在北京举行即位典礼后立即向西撤退。作出这样的决策是痛苦的然而却是正确的。当时大顺军在距北京不远的地方虽然有不少驻军，但不可能组织起一支足以挡住清军（包括已经投降清方的吴三桂部）的武装。其他军队则因分驻在西北各省和湖北、河南、山西等地，短期内无法调来。在外有跟踪而来的强敌，内有仇视农民革命的残余反动势力的情况下，李自成以新败之余据守孤城，后果是不待龟卜的。大顺军领导人有鉴于此，终于决定了主动放弃北京。
四月二十九日，李自成在武英殿举行即位典礼，由牛金星代行郊天礼，六政府各颁赦书一道。典礼草草结束后，即“分付阖城人民，俱各出城避难”，同时放火焚毁了明代宫殿和各门城楼，开始撤离北京。“城中扶老挈幼西奔者络绎不绝”，一些投顺了大顺政权的明廷官员也杂在队伍里一同逃难。在大顺军遭到严重挫折，而敌方以明太子为标榜的情况下，仍然出现这种场面，说明大顺政权在京师人民中享有崇高的威望。在撤退之前还要正式举行即位典礼完全是从政治上考虑。北京自元代以来就长期是全国的政治中心，在人们心目中设在北京的朝廷拥有正统地位。李自成之所以在军情旁午之际，仍然要在这里举行一次即位典札，颁诏天下，其用意即在于向全国宣布大顺政权在推翻朱明王朝之后，业已成为全国惟一合法的政权，北京是大顺朝定鼎的地方，尽管由于军事上的失利而暂时放弃，但迟早是要回来的。
四月三十日晚，清军进抵蓟县，得到了大顺军已撤离北京的消息，多尔衮即命多铎、阿济格和吴三桂等人统率精锐急速追击，自己则带领一部分军队赶往北京。五月初二日，多尔衮到达北京。当时都中的明朝官僚和市民并不知道吴三桂已经投降清朝，纷纷传说吴三桂打败了李闯，夺回了明太子朱慈烺，将奉太子来京即位。于是一群官僚便聚集东郊迎接，内官们也准备了卤簿法驾。出乎他们意料的是，傲然而来的却是胡服辫发的清朝摄政王，转眼之间满洲白旗兵已经布满城垣。许多人不胜错愕，惶遽而退。一部分鲜廉寡耻的官僚则将错就错，竟把多尔衮迎接进宫，居之于火后仅存的武英殿。
五月三日，大顺军退至保定，“虽钲鼓喧阗，而骑无行列，弧折筈残，人尽阻饥。”但农民军仍严守纪律，“掏珠易饪”，用财物向当地百姓购买食品。为了阻滞追兵，担任殿后的部队把“大内锦绮缠挂树上，铸金为瓴甋抛置道右，啖追骑以可欲，少缓须臾，一日夜行三百里。”五月初八日，清兵在庆都（今河北省望都县）追上大顺军。蕲侯谷英麾兵还战，双方战于城东。大顺军饥疲交困，士气不扬，被清军击败，谷英不幸牺牲。大顺军继续南撤，又与清军战于真定，再次失利，遂经井陉退入山西，留精兵防守固关。追击的清军也因“马困人疲，不能远逐”，又需要巩固对京师和畿辅地区的占领，不得不在五月十二日回到北京。
清军是在为崇祯帝复仇、“吊民伐罪”的黑旗下出兵镇压农民军的。为了在汉族地区站稳脚跟，多尔衮接受范文程、洪承畴等人的建议，采取了一些笼络汉族官绅地主的措施。进京后的第三天就下令，“官民人等为崇祯帝服丧三日，以展舆情，著礼部、太常寺备帝礼具葬。”由于在京的明朝官僚绝大多数都投降过大顺政权，他们当中的许多人耽心吴三桂和清兵入城以后，会把自己视作“从逆伪官”。清廷有鉴于此，“大张榜示，与诸朝绅荡涤前秽”。只要归顺清朝，就官复原职，甚至加官晋级。同时明确宣布，凡属被起义农民夺去的田产一律归还本主。这些保护汉族官僚地主的政令一公布，那些曾饱受农民军铁拳打击的明朝官绅地主，无不弹冠相庆，“故朝野一时懽然服从，如大旱之得时雨也”。“是月终旬，长安市上仍复冠盖如云矣！”完全是一派地主阶级全面复辟的景象。