甲申四月，大顺农民军攻克北京、崇祯皇帝吊死煤山的消息传到了南方，聚集在留都南京一带的明朝官僚们顿时乱成一团。为了收拾这无主的半壁江山同起义农民对抗，他们面临着一个迅速解决明王朝的继统问题。由于朱由检的三个儿子都没有逃出北京，大臣们只有从藩王中挑选。当时藩王中尚存的神宗直系子孙有福王、惠王、瑞王、桂王四人，后面三者分别在广西、四川，地处僻远。离南京近的只有从河南逃来的福王朱由崧和旁系的侄儿潞王朱常淓。有的大臣主张立福王，理由是他在世系上同朱由检最亲；有的大臣却顾虑到老福王几乎夺嫡的旧事，唯恐立了福王之后会掀翻旧案，引用“奸邪”，对自己不利，于是借口“立贤”，主张拥戴潞王。凤阳总督马士英见史可法等重臣支持潞王，认为是自己飞黄腾达的好时机，于是就联络总兵黄得功、刘良佐、高杰、刘泽清等实力派，宣布拥立福王。五月初一日，福王朱由崧被迎入南京，史可法、高弘图等留都官员眼看木已成舟，也只好加入奉迎的行列。五月初三日，朱由崧就任监国，以南京兵部尚书史可法、户部尚书高弘图、凤阳总督马士英以及旧臣姜曰广、王铎等五人入阁为大学士，同时选任了一批小朝廷的官员。五月十五日，朱由崧即位称帝，以明年为弘光元年。这就是第一个南明政权。
弘光政权在南京建立的时候，国内的形势是：清军打败了大顺农民军，占领了北京和关内的大片土地，并且得到了黄河流域一部分汉族地主的支持；大顺政权仍然拥有山西、河南以西的地方，正准备着重整兵马同清军再决雌雄；南方除了大西农民军正向四川进军以外，其他地方基本上都处于弘光政权管辖之下。一场中原逐鹿的斗争就在这三股政治势力之间展开了。社会矛盾由原先的汉民族内部的阶级对抗和辽东地区的满、汉之间的民族对抗，演变为全国性的阶级矛盾和民族矛盾相交织呈现出极其错综纷杂的局面。
南明的弘光朝廷，表面上是个庞然大物，它拥有全国最富庶的地区和数量可观的军队。以兵员来说，仅镇守武昌一带的左良玉部就达二十余万，加上高杰、刘泽清，黄得功、刘良佐、郑芝龙以及两广、云贵、江浙等处的驻军，兵马约近百万。然而，由于这个政权是以江南最腐朽的官僚地主为基础，勾结在农民军打击下逃窜而来的军阀集团建立起来的，骨子里糜烂已深，所以实际上是十分脆弱的。它不仅完全继承了崇祯朝的反人民政策，而在腐朽、无能、内部纷争等方面，更有过之而无不及。被捧上皇帝宝座的朱由崧在政治上毫无作为，生活上荒淫透顶，集中地体现了没落贵族的全部特性。他把政事委任给大学士马士英，口称：“天下事有老马在”，自己却百事不理，整天吃喝玩乐。皇宫内廷里悬挂着他叫大学士王铎书写的一副对联：“万事不如杯在手，百年几见月当头”，仅此就可以想见其为人了。一六四四年旧历除夕，朱由崧不乐，大臣们还以为他是忧虑前方形势不利或是思念先帝，一个个叩头请罪。不料朱由崧说出的意图是，“朕未暇虑此。所忧者梨园子弟无一佳者，意欲广选良家以充掖庭，惟诸卿早行之耳。”直到清兵已临近大江边，朱由崧还忙于选美女。为了配制房中药，他还命乞丐捕捉癞虾蟆，灯笼上大书：“奉旨捕蟾”。所以人们都称他为“虾蟆天子”。
大学士马士英则乘机揽权，把朝内比较正直的官僚都排挤出去，由自己掌握大权。他又引用阉党阮大铖为兵部尚书，互相勾结，公开卖官鬻爵，选用文武官员都有定价。以致当时南京城里流传这样一首《西江月》：
弓箭不如私荐，人材怎比钱财？吏兵两部挂招牌，文武官员出卖。
四镇按兵不举，东奴西寇齐来。虚传阁部过江淮，天子烧刀醉坏。
又有这样的歌谣：“中书随地有，翰林满街走。监纪多如羊，职方贱如狗。荫起千年尘，拔贡一呈首。扫尽江南钱，填塞马家口。”在一片纸醉金迷的虚幻太平景象中，南京的新贵们一个个有如燕巢幕上，竞相经营自己的安乐窝。
为了争权夺利，朝廷内外狗咬狗的斗争花样翻新，层出不穷。有围绕所谓北来太子和童妃事件的皇室内部争斗；有朝廷上这一部分官僚同那一部分官僚的勾心斗角；有军阀们争夺地盘的兵戎相见。这些斗争又往往纠缠在一起，乱哄哄地闹得不可开交。这样的朝廷不仅民心丧尽，就在统治集团中也没有多大的权威。据史籍载，督师大学士史可法在行间讲话，常引用弘光的旨意，大将高杰竟“拂然曰：旨，旨，何旨也。尔曾见皇极殿中有人走马耶？”大将黄得功“一日伏受诏，语不当意，不待竟即起，攘袂掀案，大詈曰：去，速去，吾不知是何诏也。”甚至一再发生皇帝指名逮捕的官员一藏入大将兵营，朝廷就无可奈何的怪事。
内部的腐败和矛盾重重，使弘光朝廷从立国之始就患上了软骨病。甲申五月，由史可法以大学士身份出任督师，在江北设立黄得功、高杰、刘泽清、刘良佐四镇，同武昌的左良玉部组成江淮防线，提防大顺军的南下。在吴三桂降清、大顺军受挫的消息传来后，弘光朝廷欣喜异常，以为可以借清朝兵力摧毁农民军，然后通过讨价还价同清方达成分疆而治的协议。大学士马士英早在五月间就提出，“因三桂款建，使为两虎之斗。……今之上策也。”史可法在疏中也认为，“目前最急者，无逾办寇矣。”清兵“既能杀贼，即为我复仇。予以义名，因其顺势，先国仇之大而特释前嫌，借兵力之强而尽歼丑类，亦今日不得不然之著数也。”这就是贯穿弘光一朝始终的所谓“借虏平寇”的方针。
对于满洲贵族来说，夺取中原是早已确定的方针。但是，由于满族人口很少，所能提供的兵员有限，多尔衮等人在入关初期，对于依靠自己的力量究竟能够占领和有效控制多大的地盘，并不明确。史载多尔衮刚进北京时，曾说过：“何言一统？但得寸则寸，得尺则尺耳。”六月初一日，清廷的诏书中还说：
“深痛尔明朝嫡胤无遗，势孤难立，用移我大清宅此北土。厉兵秣马，必歼丑类，以靖万邦。非有富天下之心，实为救中国之计。咨尔河北、河南、江淮诸勋旧大臣节钺将吏及布衣豪杰之怀忠慕义者，或世受国恩，或新膺主眷，或自矢从王，皆怀故国之悲，孰无雪耻之愿。予皆不吝封爵，特予旌扬。其有不忘明室，辅立贤藩，戮立同心，共保江左者，理亦宜然，予不汝禁。但当通和讲好，不负本朝，彼怀继绝之恩，以惇睦邻之谊。”
但下文也预先埋伏下了借口：“若国无成主，人怀二心，或假立愚弱，实肆跋扈之邪谋；或阳附本朝，阴行草窃之奸宄。斯皆民之蟊贼，国之寇讎。俟予克定三秦，即移师南讨，殪彼鲸鲵，必无遗种。”实际上，当时清廷多尔衮等人对南明弘光朝廷，作的是进可以攻、退可以和的两手准备。
清廷暗伏杀机的这道诏书，对弘光朝廷起的居然只是麻痹作用。他们抓住多尔衮“睦邻”的橄榄枝，急不可待地派出使团“通好讲和”，一心想在共同镇压农民革命的基础上实现南北朝的局面。七月，弘光朝廷派遣兵部右侍郎兼右佥都御史左懋第、太仆寺少卿马绍愉、总兵陈洪範为使者，携带白银十万两、黄全一千两、缎绢一万匹作为酬谢清廷出兵的礼物，另封吴三桂为蓟国公，犒赏银一万两的诰命，于十八日起程前往北京。北使团出发前，弘光帝曾命大学士会同府部等官，从长酌议同清方谈判的条件。大臣们议论纷纷，“或言以两淮为界。高辅宏图曰：‘山东百二山河，决不可弃，必不得已，当界河间耳。’马辅士英曰：‘彼主尚幼，与皇上为叔侄可也。’”史可法在疏中也认为：“宁前既撤，则势必随以入关。此时畿辅间必不为我所有。”言外之意，割让河北乃势在必行。弘光帝在给使团的指示中，则以割让山海关外土地、南北互市、许岁币不得过十万和会见时不屈膝、不辱命作为谈判的起点。
就在弘光朝廷陶醉于“借虏平寇”的美梦时，清廷由于汉族官绅归附者越来越多，力量和见识日增，态度也益渐骄横。多尔衮等满洲贵族从汉族降官口中得知，江南物产丰盈，民风脆弱，可传檄而定，不禁食指大动。他们认为与其平分秋色，何如一口独吞。主意打定，多尔衮就在七月间致史可法的信中，公开指责弘光朝廷是“乘逆贼稽诛，王师暂息，遂欲雄据江南，坐享渔人之利。”并且大加恫吓：“今若拥号称尊，便是天有二日，俨为敌国。予将简西行之锐，转旆东征，且拟释彼重诛，命为前导。”根本不承认弘光朝廷的合法地位。十月，左懋第等到达北京，处处受到冷遇和凌辱。清廷除了把使团带来的银币如数照收以外，对使团提出的通和讲好嗤之以鼻。左懋第等人反复辩解，得到的答复只是一句话：“毋多言，我们已发大兵下江南。”十月下旬，弘光朝的北使团毫无结果地起程南返时，内部又发生了惊人的背叛。使团中的陈洪範暗中给清摄政王多尔衮写信，请求将同行的左懋第、马绍愉拘留。自己南返后除率领本部兵马归顺外，还将拉拢左良玉、高杰、黄得功、刘泽清等将领一道投降，南方可以不战而定。多尔衮纳其言，立即派军队赶到沧州，将左、马二人追回拘押于北京，让陈洪範独自回去充当内奸。陈洪範抵南京后，一面密奏“黄得功、刘良佐皆阴与□（虏）通”，妄图挑起朝廷对黄得功等的猜疑，以便自己乘机行事；一面“逢人劝降”，被称为“活秦桧”。只是由于朝廷诸臣感到三人出使，一人独回，事有可疑，陈洪範的阴谋才暂时没有得逞。
北使议和变成了一场赔了夫人又折兵的丑剧，特别是更摸清了清方剑拔弩张、要用武力征服全国的既定方针，弘光朝廷本当改弦易辙，以民族大义为重，重新调整自己的政策。可是，朱由崧等人出于反人民的立场，在战略上仍然认定农民军是自己的主要敌人，对清方的步步进逼却一味退让，惟恐得罪。一六四四年旧历十月，清廷原定两路出师，阿济格军攻陕西镇压大顺军；多铎等南下摧毁弘光政权。只是由于大顺军发动的河南怀庆反击战，把多铎部清军吸引了过去，才延缓了弘光朝廷的覆灭。从这年冬到一六四五年春，大顺军又一次独立承担了抗击清军主力的重任。当时，清廷在河北、山东、河南、山西的兵力相当薄弱，统治还很不稳固。弘光朝廷如能乘虚进兵鲁、冀，客观上将对西进的清军主力起到牵制作用，大顺政权就不致在优势清军的打击下很快被颠覆，南明的偏安江左也可以多维持一段时间。然而，弘光朝廷的显贵们却蹲在石头城上，睁起近视的两眼，为清军击败大顺军而欢呼鼓噪。一六四五年正月，正是多铎、阿济格两路清军都聚集在陕西的时候，督师大学士史可法行至苏北宿迁白洋河，得报西征“流寇”的兴平伯高杰在睢州被总兵许定国诱杀，许率部众叛投了清方，竟然吓得手足无措，只草草安置一下高杰部下诸将就一筹莫展了。幕客阎尔梅劝他“渡河复山东，不听；劝之西征复河南，又不听；劝之稍留徐州为河北望，又不听。”“一以退保扬州为上策”。正是由于弘光朝廷始终没有举起抗清的旗帜，更没有采取任何抗清的行动，才使清廷各个击破的策略得以顺利实现。
一六四五年三月，多铎部清军由西安东行至河南归德府，积极准备南下。同时，大顺军主力在阿济格部清军尾追下也由河南西部进入湖北襄阳一带。镇守武昌地区的明宁南侯左良玉自知不是大顺军的对手，扯起“清君侧”的旗号遂全师东下，声言讨伐马士英、阮大铖。部队行至江西九江时，左良玉病死，其子左梦庚自称副元帅继续率师向南京进发。四月，多铎所统清军从归德府出发，南经安徽泗州，渡过淮河后直扑江苏扬州。史可法连章告急。在这关键时刻，马士英、阮大铖等却抽调黄得功等部西御左军。有的廷臣认为当务之急是加强淮扬的防御，不同意把大军西调。马士英悍然声称：“宁可君臣皆死于大清，不可死于良玉之手。”并“瞋目大呼：有议守淮者斩！”四月十八日，清军抵达扬州城下，派人招降史可法等，遭到拒绝。二十四日清军大举攻城，次日占领扬州，史可法被杀。清军在扬州城滥加屠戮，制造了一场惨绝人寰的浩劫。五月上旬，清军进抵瓜州，同明军隔江相对。马士英召集大臣们商议对策，有的官僚公然齐声嚷道：“便降志辱身，也说不得了”，积极准备投降清朝。初九日，清军开始渡江。弘光朝廷的头面人物连清军的影子还没见着，就一哄而散了。初十日晚，朱由崧在一群宦官的拥簇下，慌慌张张地窜往安徽太平府（今当涂）黄得功的军营，马士英则护卫着太后逃到浙江杭州。剩下的一批文武官员在忻城伯赵之龙、大学士王铎、礼部尚书钱谦益的率领下，于五月十五日向多铎投降，清军遂进入南京。几天后，降将刘良佐勾结黄得功部下将领田雄等谋害了黄得功。于是朱由崧被活捉并解往南京。在这以前，左梦庚带着二十三万大军，一矢未发就向英亲王阿济格投降了，原来的江北四镇兵马也先后投降了多铎。
弘光朝廷覆灭之后，马士英拥簇着弘光太后逃到杭州，又想另起炉灶拥立潞王朱常淓。不料，朱常淓却是个扶不起的阿斗。六月，他根据太后的谕旨出任监国。但刚刚粉墨登场便传来了清军迫近的消息，就在巡抚张秉贞、总兵陈洪範和宦官们的撺掇下，向清朝纳土投降了。
弘光朝廷和潞王监国的相继倾覆，打破了南方汉族地主们“联虏平寇”、偏安江左的迷梦，终于看清了满洲贵族决不允许同时存在一个汉族政权，从此抗清派才占了上风。多尔衮等人见胜利来得很容易，于是头脑膨胀起来，蛮横地推行一系列的民族压迫政策。这就不能不使民族矛盾迅速地激化，上升为社会的主要矛盾。在各地人民抗清活动的推动下，终于进入了以农民军为主体的联明抗清的新时期。