Bt茄子案很少涉及《名古屋议定书》和联合国粮食及农业组织的《植物条约》。不过，在了解Bt茄子案的过程中掌握这些文件所具有的相关性和产生的影响，有助于理解国际遗传资源管理法律体系的复杂性和模糊性，并有助于解答各类相关问题。比如，开发Bt茄子所使用的当地茄子品种是否受到国际体系的约束？谁拥有当地茄子品种的决定权？使用当地茄子品种开发Bt茄子时，是否需要征得当地社区的知情和同意？另外，当地社区是否有权参与利益共享？

《名古屋议定书》和《植物条约》在获取途径和利益共享方面的规定存在差别。在《名古屋议定书》框架之下，遗传资源的提供者和使用者需要根据与《名古屋议定书》相关的本国法律进行磋商，签订双边协议。而《植物条约》为了促进粮食和农业植物遗传资源的获取，在国际商定的标准、统一的条件下公平分享利益而创建了一种多边体系。在这种多边体系下，材料可通过《标准材料转让协议》（Standard Material Transfer Agreement）获取。该协议规定了协议各方，也就是具体的供应商和接收人各自的权利和义务。多边体系共涵盖35种粮食作物（其中包括茄子）和29种饲料作物的遗传资源。《植物条约》多边体系范围之外的植物遗传资源可根据实施了《名古屋议定书》的国内立法进行获取。

Bt茄子案中的关键问题在于确立案件相关当地茄子品种的法律地位。根据两位《植物条约》专家的观点，这些茄子品种属于由国家进行控制和管理的植物遗传资源，且处于公共领域（不受知识产权权利要求的限制），所以至少在理论上应该纳入多边体系（访谈，30、41）。然而在实践过程中，《植物条约》的灰色地带引发了问题。公立农业大学所保存的种质归国家管理控制，还是属于机构的私有财产，各国情况各不相同。在印度，公立大学所持种质的法律地位缺乏明确规定（访谈，41）。案件所涉及的大学原本可以提交《标准材料转让协议》，但该大学主张遗传材料归本校所有，没有提交协议。有人可能会说，这所大学为这些遗传材料的维护和潜在开发提供了投资，因此可以主张权利。但正是由于该大学将相关材料归为本校财产，才使得最初提供材料的当地社区被排除到各类权利和利益共享请求权之外。

政治因素加剧了相关问题的复杂程度。当时的印度还没有根据《植物条约》进行立法，也没有指定哪些种质纳入多边体系（相关工作于2014年完成）。印度与其他一些国家类似，不愿进行立法和指定，因为印度认为本国已经通过国际农业研究中心网络向多边体系贡献了植物遗传资源。在缺乏明确规定且缺乏政治支持的情况下，印度机构不希望由于把国家资源纳入多边体系而承担责任（访谈，30）。

假设公立大学遵守了多边体系的相关规则，转让植物品种的同时将会出现《标准材料转让协议》的转让，国际公私机构联盟将获得Bt茄子专利。与此同时，0.77%的商业销售额将返还给《植物条约》规定下的利益共享基金。如果这些大学遵循了《名古屋议定书》的规定，各大学将通过国家生物多样性管理局事先进行知情意见征询，并与公私机构联盟签订双边协议。在这种情况下，公私机构联盟就需要事先获取相关品种当地社区的知情同意，并与这些社区商定利益共享事宜。

这些大学选择了第三条路线，也就是不顾现行国内法律规定，与国际公私机构联盟签订协议。这种协议没有遵循《名古屋议定书》的双边体系，也没有遵循《植物条约》的多边体系，不属于任何国际法律体系，在知情同意和利益共享方面不承担任何义务。