鉴于卢梭对普世性自然宗教的探索，我们要指出一个有趣的现象，那就是卢梭对共济会并不感兴趣。18世纪60年代有一些共济会会所会向集会的弟兄发表演说，从中可以品出卢梭式的情感。后来，他们对他没有参与到这些共济会的活动中感到遗憾：“如果不幸的卢梭能知道我们庄严的集会就好了；如果你能享受我们之间甜蜜的结合就好了。” 要是卢梭参加了这些集会，他能发现什么呢？

在18世纪最初的二十年，共济会开始在英国发展起来。到了18世纪20年代，甚至更早的时候，它已经传入欧洲大陆，不久之后又进入了美洲殖民地。在法国，共济会的重要性与日俱增，为进步思想提供了一个出口，也为有组织的宗教活动提供了另一种方案。在1789年秋季的法国大革命中，共济会和哲学家被指控密谋推翻法国君主制和天主教会。他们认为，事实上是启蒙运动中的世俗主义引爆了法国大革命。

这种充满阴谋论色彩的指控一直盘踞在极右翼的思想当中，直到20世纪。这一说法并无事实依据，但是阴谋论者很少被事实左右。而且，在1815年拿破仑的统治结束后，各个共济会会所确实被复辟的波旁王朝的情报人员监视着。 直到1945年前的所有欧洲极右翼政府，以及直到1975年弗朗哥去世前的西班牙政府，都对共济会投以冷眼，并开展过反共济会的宣传活动。

在1738年和1751年，教宗都对这些共济会会所发出过谴责，禁止天主教徒加入共济会。 该诏书宣称：“这些会社或秘密集会不仅对世俗国家的和平构成威胁，也会对灵魂的福祉造成巨大伤害。”不过这种谴责对共济会的影响十分有限。在1750年之后的五十多年里，法国共济会会所的数量翻了一倍，有些会所允许女性入会，而且会所集会上的演讲内容经常可以作为政治参考。在那个时期，有些共济会会所之间流传着克伦威尔创办了第一批会所的荒诞说法，却被很多人相信。 无论这一说法多么不真实，但都可以说明他们确实拥抱了来自英国的革命传统。

不少著名的启蒙思想家，例如伏尔泰、孟德斯鸠、爱尔维修和本杰明·富兰克林都加入了共济会，而托马斯·杰斐逊则像卢梭一样，认为加入共济会没有什么价值。会所极具贵族特征，甚至会使用宗教象征的手法，例如，在斯特拉斯堡的一处共济会会所，人们将共济会的《宪章》放在了祭坛上。此外，会所的“圣殿”里还陈列着银质烛台、太阳和月亮的图像，尤其还有“一个古老的金色的祭坛……用红色的绢布盖着……用金色的穗带和流苏装饰着”。 在这个呼唤“宇宙伟大的建筑师”的时代，如果一位共济会弟兄想要探寻一种自然宗教，那么谁也拦不住他。

在这里，男人和一些女人们（虽然她们的成员身份备受争议）可以发表演讲、投票、资助慈善事业，并在庄重——或者说至少在晚餐前是体面的——的气氛中与那些不太熟悉的人交谈，会所为这些活动提供了有限空间。会所可以使参加者浸润在改良主义的价值观中，也能使他们获得贵族的保护和赞助。这些会所可以为政府充当学校，甚至被一些对传统宗教不满的人当作礼拜场所。也许同样重要的是，有了这些会所，在英吉利海峡两岸和美洲殖民地，有着不同宗教信仰的人可以在和谐、宽容的氛围中交流，即使每周只有几个小时。在阅读哲学家的著作的过程中，他们也可以在新兴的、开明的文化中生活，或者说他们至少能体验其中一个版本的开明文化。

法国的启蒙运动部分依赖于外国的影响，这些影响主要来自英国和荷兰共和国。但这丝毫不能掩盖其领袖人物的光辉和其地下市场常客的勇气。毫无疑问，所有人都渴望从中获利，但他们也希望能实现一种不同以往的社会及政治秩序，一种更少教会人士、更少审查、更多宽容并能为穷人和受压迫者伸张正义的世俗秩序。相似的情感促使着托马斯·杰斐逊将神职人员从行政体系中剥离开来。杰斐逊表示，他们的“集体精神（esprit de corps）已经对人类造成了十分恶劣的影响，这些教士在长达10个世纪乃至12个世纪的历史中犯下了太多暴行”， 大西洋两岸的哲学家都鼓舞我们寻求类似的目标。