明朝后期，蒙古分为三大部，以瀚海（戈壁大沙漠）为界，其南部为漠南蒙古，即内蒙古；北部为漠北蒙古，也称喀尔喀蒙古，即外蒙古；西部为漠西额鲁特蒙古，驻牧于蒙古草原以西直至新疆准噶尔盆地。这时，由于满族的崛起，蒙古就成为明朝与后金的主要争夺对象。西藏喇嘛教的格鲁派（黄教）势力也于这时扩展至蒙古。

蒙古封建主对西藏喇嘛教向来极为推崇，在元代，有不少西藏喇嘛教首领被封为国师、法王等，有很高的政治地位。明代，蒙古封建主仍然信奉喇嘛教，在明穆宗隆庆以前，主要信奉的是喇嘛教中的萨迦教派（即花教），但当时蒙古族的广大牧民却信奉萨满教。万历六年（1578年）俺答汗（阿勒坦汗）邀请黄教（格鲁派）领袖人物锁南坚错到青海地区传教。当时俺答汗亲自主持有几万人参加的察卜齐勒庙大会，并尊称锁南坚错为“达赖喇嘛”（即达赖三世）。在俺答汗的大力倡导下，黄教便在蒙古各部盛行起来，并且普及到蒙古族广大牧民中间。

察卜齐勒庙大会，影响非常深远，它标志着蒙古僧俗封建主联合统治制度的确立。从此以后，蒙古三部都纷纷派人邀请达赖喇嘛去传法讲经，并且都希望获得他赠赐的封号，形成了谁能控制黄教，谁就能在蒙古地区扩展势力的局面。

万历十一年（1583年），俺答汗死后，蒙古土默特部的封建主再次邀请达赖三世来土默特传法讲经，并参加俺答汗的葬礼。万历十四年，达赖三世锁南坚错到达土默特，翌年参加了俺答汗的葬礼后，又接受明朝政府的邀请前往北京。万历十六年三月，他在赴京途中，在吉尔玛台（又称卡欧吐密）地方圆寂。锁南坚错去世后，根据他的遗愿，宣布俺答汗新生的族孙为转世“灵童”(1)。这就是达赖四世云丹嘉措。在历世达赖中唯有云丹嘉措是蒙古族人，其他都是藏族人。黄教最高法王竟然在俺答汗家族中“转世”，这充分说明蒙古世俗封建主和黄教僧侣封建主之间关系的密切，黄教更加普遍地在蒙古社会中传播。云丹嘉措一直到万历三十年，在西藏三大寺（哲蚌寺、色拉寺和甘丹寺）派来迎接的专使和蒙古军队护送下进入西藏。第二年到达拉萨。万历四十四年云丹嘉措圆寂于哲蚌寺。

林丹汗是漠南蒙古察哈尔部的首领。他自万历三十二年（1604年）即察哈尔汗位后，就竭力标榜自己属于成吉思汗的嫡系后裔，并宣称掌有大元传国玺，雄心勃勃要恢复其祖宗的伟业。自称“统四十万众蒙古国主巴图鲁成吉思汗”，嘲笑努尔哈赤为“水滨三万人满洲国主”。从蒙古皇室的血统来讲，林丹汗确实是蒙古汗位的正统继承人。但从黄教传入蒙古以后，“大元后裔”这一正统观念已失去号召力，蒙古族多少年来的这种传统信念已经改变。当时蒙古各部很多汗位的称号都是从达赖喇嘛那里接受来的，如漠北的土谢图汗、车臣汗、札萨克图汗、赛音诺颜汗，漠南喀喇沁部的坤都伦汗等。当时察哈尔部还是花教掌握着宗教大权，这在黄教势力日盛的情况下，对林丹汗自然是不利的，因此，他也主动向黄教靠拢。

自从达赖四世进藏以后，漠南蒙古西部的土默特和鄂尔多斯等部失去了政治上和宗教上的领袖人物，原来松散的联合体很快分裂了。林丹汗便乘机向西部进军，击破了喀喇沁部，控制了土默特和鄂尔多斯部。察哈尔部势力得到了扩张，“东起辽西，西尽洮河，皆受插（察哈尔）要约，威行河套以西”(2)。但林丹汗重振蒙古汗权的好景不长，不久就被后金努尔哈赤所征服。

漠南蒙古处于后金与明朝之间，东界后金，西南与明朝相连，成为明朝与后金争夺的重点。如果蒙古与明朝联合起来，则后金就会腹背受敌；蒙古倒向后金，则明朝北面门户洞开，京师就会受到威胁。林丹汗选择了与明朝合作共同抵御后金的道路。明朝“思用东部插汗小王子（林丹汗）欲以敌大清”(3)，便把原来给漠南蒙古诸部的岁币，转给了林丹汗，而林丹汗则每每“扬言助中国，邀索无厌”(4)。察哈尔部在林丹汗的统治下，一度兵马强盛，在漠南蒙古中没有敢与之抗争的。但由于林丹汗在征服战争中“兴兵掠夺”，“服从者收之，拒敌者被杀”(5)，又“昏于酒色”(6)，因而激起漠南蒙古诸部对他的强烈不满。

这时，后金势力日益强大，努尔哈赤及其后继者皇太极都清楚地看到，林丹汗是他们征服蒙古的主要对手，只有摧垮林丹汗的势力，才能使漠南蒙古听命。因此，后金便利用蒙古各部对林丹汗的不满情绪逐个争取，对率部来归的首领，厚给赏赐，并授以官爵。于是科尔沁、翁牛特、郭尔罗斯、杜尔伯特、札赉特以及克什克腾等部先后来归。崇祯元年（天聪二年，1628年）七月，喀喇沁等部派代表来沈阳“乞盟”，与后金结成了共同进攻林丹汗的军事同盟，皇太极亲率满蒙联军进攻林丹汗，一直追击到西喇木伦河流域。十月，皇太极返回沈阳。

崇祯五年（天聪六年，1632年）三月，皇太极下令征集蒙古诸部兵，再次出征林丹汗，在昭乌达会齐后直趋林丹汗的巢穴。到五月二十七日，攻下了归化城（今呼和浩特）。林丹汗狼狈逃到西土默特部，后又逃到青海大草滩，出痘病死。

崇祯八年（天聪九年，1635年），皇太极又派遣多尔衮、岳托、萨哈廉及豪格率兵西征，直到河套地区，招抚了林丹汗的残部。林丹汗的妻子囊囊太后率一千五百户投降，林丹汗的儿子额哲携带传国玉玺率部民一千户归降。皇太极三次用兵察哈尔，终于征服了整个漠南蒙古，使得漠南蒙古诸部在后金的管辖下统一起来。

漠北蒙古，当时主要有三个封建主集团统治着，他们是土谢图汗、札萨克图汗和车臣汗，称为喀尔喀三部。

后金征服了漠南蒙古以后，对漠北蒙古产生了巨大的影响。皇太极乘这一有利形势，积极与漠北蒙古进行联系。崇祯九年（天聪十年，1636年）二月，皇太极派使臣去喀尔喀三部，劝他们前来归附。同年十一月，车臣汗首先派遣卫征喇嘛等“赍书来朝，贡驼马貂皮等物”(7)。崇祯十一年（崇德三年，1638年）三月，喀尔喀三部遣使来朝，皇太极规定他们每年向清朝行“九白之贡”，即贡“白驼一、白马八”(8)。从此，喀尔喀三部表文贡使络绎不绝，正式与清朝建立了臣属关系，辽阔的外蒙古就归入清朝的版图。

漠西额鲁特蒙古，分为准噶尔、杜尔伯特、土尔扈特、和硕特等部。其中以准噶尔部军事势力最为强盛，其首领哈喇忽喇极力从事扩张，要合并其他各部。崇祯三年（1630年）土尔扈特部因受其威胁，率部西迁至额济勒河（今伏尔加河）流域游牧。和硕特部的顾实汗（又译固始汗），原在天山北麓驻牧，也因受准噶尔部的威胁，率部向东南方向的天山南麓、青海方面迁移，后又进入西藏。

准噶尔部首领哈喇忽喇于崇祯七年死去，由其子呼图霍庆继为准噶尔部首领，称为巴图尔浑台吉。起初巴图尔浑台吉也继承他父亲的遗志，想统一漠西蒙古四部。但当时沙皇俄国的侵略势力已开始伸入我国北部和西部边疆。他们采用各种手段侵占了我国喀尔喀和额鲁特蒙古的一些辖地。我国蒙古族人民奋起抵抗沙俄的侵略，但由于各部之间处于分裂状态，无法组织起强有力的武装。各部封建领主深切感到要加强团结，才能共同对付外敌的入侵和控制属下的部民，巩固其封建秩序。于是巴图尔浑台吉便和喀尔喀的札萨克图汗共同努力，联合喀尔喀和额鲁特蒙古各部封建主会盟于塔尔巴哈台（今新疆塔城），组成同盟，并制定了一部“法典”，称为《卫拉特法典》。

《卫拉特法典》是当时喀尔喀和额鲁特蒙古所共同遵守的一部根本大法。它从宗教、政治、经济、军事以及社会风俗等各个方面订立法规。它规定喇嘛教为蒙古族共同信仰的宗教，任何人不得用言语或行动侮辱僧侣；规定喀尔喀和额鲁特蒙古各部都要联合起来，共同对付外敌的入侵；规定牧民不准擅自离开所属的封建领主，以保证封建领主对牧民的剥削和奴役，并用严惩盗窃的办法来维护封建领主的一切财产；还规定了王公和高级僧侣的各种特权、贵族与平民之间的等级区分以及婚姻嫁娶和私有财产的继承等方面的权利和义务。

《卫拉特法典》在相当长的时期内，对蒙古族社会发生了较大的影响。它是研究明清之际蒙古族社会制度、风俗习惯、宗教信仰等方面的重要史料。(9)

漠西蒙古四部之一的和硕特部，在其首领顾实汗的率领下，迁移到天山南麓以后，就有进据青海、西藏的企图。

这时，在西藏、青海的黄教势力虽然不断扩大，但却引来了多种势力的反对和攻击，所以达赖五世罗桑嘉措的地位很不稳固。西藏第悉藏巴地方封建势力联络在青海信奉噶玛噶举派的喀尔喀部首领却图汗，处心积虑要消灭黄教势力，于是达赖五世便乞求和硕特部顾实汗的支援。

额鲁特四部是信奉黄教的，因此，达赖五世与顾实汗很自然地联合起来。崇祯九年（1636年）顾实汗率兵进入青海袭击喀尔喀部，杀却图汗。崇祯十五年（1642年）顾实汗进入西藏，消灭了第悉藏巴地方势力，统治了西藏大部地区，黄教也掌握了西藏的宗教大权。

顾实汗在进入西藏之前，于崇祯九年已派使者到盛京与皇太极联系。进入西藏后，又派使者到盛京朝贡，受到皇太极的隆重接待，建立了隶属关系。清朝政府入关后，顺治十年（1653年）封顾实汗为“遵行文义敏慧顾实汗”，并赐给金册印。(10)

(1)　喇嘛教的活佛死后，找寻到的转世幼童称为“灵童”。喇嘛教认为一个活佛圆寂后，他的灵魂会“投胎转世”，继承为下一世的活佛。

(2)　彭孙贻：《山中闻见录》卷8《西人志》。

(3)　魏源：《圣武记》卷3《绥服蒙古记》1。

(4)　《明史》卷327《鞑靼传》。

(5)　《皇朝开国方略》卷11。

(6)　《明史纪事本末》卷3《西人封贡》。

(7)　《皇朝开国方略》卷22。

(8)　《蒙古游牧记》卷7。

(9)　参见罗致平、白翠琴：《试论〈卫拉特法典〉》，载《蒙古史研究论文集》，中国社会科学出版社1981年版。

(10)　《清世祖实录》卷74。